基于176个donor的PBMC亚型比例标准化分析结果

2020-07-15 13:45 严国樑
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有的时候说生物学是门玄学,也是因为影响生物学实验的变量实在太多。比如说起来非常明确的用流式检测下冷冻PBMC中的亚型比例,不同的人,不同的仪器可能操作出来的结果大相径庭。这篇文章其实讲的就是建议一套通用的数据采集和分析的标准化流程来分析PBMC的亚型比例,评估技术误差和生物变异性对细胞群体的影响,尽可能的在控制技术误差的情况下,将各种生物变异性(如年龄,人种,生活地点)与你真正care的变量区分开来。


关于流式技术这一段感兴趣的可以看下原始论文,其实也蛮有意思的,作者从sample handling、staining procedures, assay reagents, data acquisition settings, cell analyzer performances, and data analysis methods一个一个来控制,并且还建立了一套标准化评分标准。


我们这边比较care的就是使用这套10色标准化流程,作者对176个donor做的PBMC亚型结果



Poorly resolved cell populations are associated with a higher technical variability compared with clearly defined cell populations

定义清晰的亚型比例分析很少会受到技术的干扰,但对于一些定义不是很清晰的亚型,对其的分析受技术误差的干扰就比较大,最典型的就是Treg(CD4+CD25+),不同的人,不同的仪器,不同的设门方法做出来结果差距很大。如果要克服这个问题,最好的方法就是选择比较明确的替代marker,比如Treg,我们可以加入使用更加明确的FOXP3来定义。



Biological interindividual and intraindividual variability of cell populationsia_2500000005.jpg


大多数细胞群体个体差异还是很小的,不过,某些亚群如CD56+T细胞(即NKT)和Temra CD4+T细胞存在较高的个体变异性。尤其是现在NKT的研究其实也比较火,是尤其需要考虑个体差异性的,在做实验的过程中需要考虑样品的多样性。





上图为对

13个个体的相同样品,在不同时间段(visit1为第一次,visit2为3-7个月后)进行检测得到的数据。


相对于其他亚型,有一个比较奇特的现象就是CD14和CD8比例会随着PBMC冷冻时间的加长而会产生变动,也即是稳定性比较差,这个其实是大家使用PBMC过程中也需要注意的。关于这个作者其实也没有说出个所以然来,就写了这么句话:their lack of stability over time likely reflects immunological perturbations in some of the longitudinal samples between donors. In contrast, the other nine of 11 cell populations that showed differential frequencies across donors largely maintained those differences, indicating that they are relatively stable markers of blood immune cell composition within each donor.   如果有人有这方面的原因解读,可以告知下。



Age but not gender is an important correlate ofinterindividual variability of cell populations in our panel


关于这块,其实这篇文章的样品量还是太少,我原来看过的另一篇文献其实讲的更加详尽,把abstract摘录如下,感兴趣的可以留言,我把全文发过来:

To identify phenotypic signature of circulating immune cells with aging, we enrolled 1068 Chinese healthy volunteers ranging from 18 to 80 years old. The decreased naïve CD4+ and CD8+ T cells, increased memory CD4+ or CD8+ T cells, loss of CD28 expression on T cells and reverse trend of CD38 and HLA‐DR, were significant for aging of immune system. Conversely, the absolute counts and percentage of NK cells and CD19+B cells maintained stable in aging individuals。




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